Ešte pred bitkou pri Moháči (29. august 1526) sa začínalo šíriť reformačné učenie Martina Luthera (ten pribil svoje tézy 31. októbra 1517 na dvere katedrály vo Wittenbergu), ale aj politický a hospodársky chaos. Znehodnocovanie mincí Turzovcami a Fuggerovcami viedlo k baníckemu povstaniu. To vypuklo 19. mája 1525 v Banskej Bystrici.

V roku 1526 zanikol starý uhorský štát a v Budíne sedel turecký paša a päť až šesť generácií našich predkov žilo v sústavnom ohrozovaní Turkami. Uhorskú zástavu s dvojkrížom držalo viac ako stopäťdesiat rokov Slovensko. Oficiálny názov pre slovenské územie bol vtedy Kráľovské Uhorsko, ktoré nemalo nič spoločné s Maďarskom.

Pri rozhodujúcej bitke s Turkami Ján Zápoľský, usilujúci sa o trón, neprišiel na pomoc, hoci mal početnejšie vojsko. Krátko na to vypukla občianska vojna medzi uchádzačmi o trón, Ferdinandom Habsburským a Jánom Zápoľským.

Nie iba bitky a králi ovplyvňovali beh našich dejín, ale aj naše významné rody. V 15. storočí prichádzajú na scénu dejín Turzovci zo spišských Betlanoviec, náš najslávnejší rod z prelomu stredoveku a novoveku. V časoch objavenia Ameriky založil Ján Turzo mediarsku obchodnú spoločnosť v Banskej Bystrici (1495). Tá po spojení – podnikateľskom i rodinnom - Turzovcov s Fuggerovcami z bavorského Augsburgu získala úplnú kontrolu nad ťažbou a obchodom s meďou v celej Európe. Slovensko bolo najväčším producentom medi v Európe. Naša meď zdobila kopuly európskych katedrál, použili ju pri stavbe lodí pre objavenie Ameriky.

Takmer dve storočia patrili Turzovci k najvýznamnejším magnátskym rodinám v strednej Európe. Zastávali celý rad významných pozícií na svetskom, ako aj na cirkevnom poli; tu dokonca v oboch „chotároch“, katolíckom i evanjelickom. Otec palatína Juraja Turza, František, bol istý čas (1534-1557) nitrianskym biskupom.

„Slováci nesli vedle Chorvátů hlavní tíhu nepřetržitých válek s Turky a nepoddajnými Maďary sedmihradskými,“ napísal v roku 1927 v knihe Dějiny Slovanstva Jaroslav Bidlo. A Turzovci patrili medzi najväčších turkobijcov.

Uhorsko oslabovala a slovenské obyvateľstvo poškodzovala séria útokov zo strany sedmohradských, zväčša kalvínskych odbojníkov proti habsburskej Viedni. Bočkaj, Betlehen, Vešeleni, Juraj Rákoci, Imrich Tököli a napokon František II. Rákoci.

Keď stratili kuruci podporu Francúzska a Poľska, spojili sa s Turkami. S pomocou Osmanskej ríše ovládol Tököli postupne polovicu dnešného Slovenska a Maďarska. Jeho vyslanci na jeseň 1681 predložili Turkom návrh na utvorenie „samostatného“ kniežatstva na našom území, kde prebiehali ustavičné vojenské konflikty. Turecký miestodržiteľ ho 16. septembra 1682 korunoval za kráľa – „slovenského kráľa“ - Uhorska s povinnosťou platiť Osmanom 40-tisíc toliarov ročne za ochranu.

Rok 1683 je pamätným v našich dejinách. Veľkovezír Kara Mustafa sa rozhodol pokoriť Habsburgovcov dobytím Viedne. Málokedy v dovtedajších dejinách strednej Európy bol jej civilizačný a kultúrny vývoj ohrozený do takej miery, ako práve v tom roku - možno sa mu približujeme v súčasnosti. Išlo o Európu a jej kresťanstvo, čo nakoniec zblížilo poľského kráľa Jána III. Sobieského s Habsburgovcami. K zmene politiky Poľska prispela aj pápežská stolica, aj diplomatické kroky nášho kardinála Juraja Selepčéniho.

Turci 16. júna 1683 obkľúčili Viedeň. Mesto bránila relatívne slabá posádka a dobrovoľnícke útvary a cisár Leopold utiekol z Viedne do Linca. Jedenásteho septembra 1683 obsadili spojenecké vojská poľského kráľa Jána Sobieskeho, vojvodu lotrinského a kniežaťa bádenského vyvýšeniny na Kahlenbergu a na druhý deň ráno sa začal rozhodujúci boj. Trval až do večera a skončil sa úplnou porážkou a ústupom Turkov. Táto bitka znamenala začiatok konca tureckej moci v Uhorsku. Ten deň – 12. september - vyhlásil pápež Inocent XI. za sviatok Panny Márie, pod zástavou ktorej bojovali víťazi.

Turci už Svätej lige, protitureckej koalícii Rakúska, Poľska, pápeža Inocenta XI. a Benátok, ktorá vznikla v marci 1684, nedokázali odporovať. Keď sa ku Svätej lige pripojilo aj Rusko, Leopold využil príležitosť na vytlačenie Tököliho zo Slovenska a Sedmohradska. Mierom v Karloviciach v roku 1699 boli Turci prinútení zriecť sa Uhorska a Sedmohradska, a bývalého „kuruckého kráľa“ Imricha Tököliho vypovedali z Uhorska. Svoj život potom dožíval ďaleko od európskeho diania v Malej Ázii. Zomrel v roku 1705 v Nikomédii. Jeho telesné za veľkých osláv previezli v roku 1906 do Kežmarku a uložili ich v protestantskom kostole. Manželstvom s Helenou Zrínskou, vdovou po Františkovi I. Rákocim, vyženil Imrich syna – kontroverzného Františka II. Rákociho, ktorý bol akoby Tököliho „dedičom“ a zorganizoval posledný protihabsburský odboj. Od roku 1906 je on a jeho spolubojovníci pochovaný v krypte Katedrály sv. Alžbety v Košiciach a v lodi kostola je obraz Františka II. Rákociho, klaňajúceho sa tureckému vládcovi.