Prenasledovanie katolíkov sa začalo po auguste 1944, pričom prenasledovaniu padli za obeť kňazi i nekňazi. Dochádzalo k mnohým nezmyselným násilným teroristickým akciám, akou bolo napríklad zavraždenie niekoľkých inak nevinných prívržencov režimu v Sklabini už dvadsiateho štvrtého a piateho augusta 1944. Dramatický osud jedného z nich, Karola Nemčoka, ktorého popravčia čata zle trafila, trval až do jeho smrti v roku 1974.

Jedným spomedzi obetí-kňazov bol Anton Šalát (1892-1944). Rodák z Nitrianskych Necpalov bol funkcionárom Matice slovenskej, Spolku sv. Vojtecha i Slovenského orla. Počas prvej Česko-Slovenskej republiky bol poslancom Národného zhromaždenia za hlinkovcov, bol aj poslancom Slovenského snemu v Bratislave. Od roku 1932 bol správcom fary v Hájnikoch, dnes Sliač. Jeho predchodcom bol známy národovec Jozef Kačka. V nedeľu 17. septembra 1944 ho traja partizáni, Golzbar, Molínek a Havrila vytiahli z fary. Nevypočuli ani jeho poslednú žiadosť o spoveď. Zaznel výsmech a salva zo samopalu na Hájnickom moste. Zobrali mu hodiny, peňaženku, vybili mu zlaté zuby a mŕtvolu hodili do Hrona. Zavraždili aj šéfa Obilnej spoločnosti Jána Klinovského a prokuristu Tatra banky Mateja Styka. Vrahovia boli potrestaní veliteľstvom povstaleckej armády a odsúdení na smrť.

Ján Nemec (1911-1944), rodák zo Šarišských Bohdanoviec, zomrel ako mučeník 17. novembra 1944 v Žalobíne. Bol rímskokatolíckym kňazom v Lieskovci v okrese Humenné. Venoval sa mládeži a jeho starostlivosti sa tešili aj chudobní, osobitne Rómovia. V záujme ich zdravia, vo vážnych prípadoch neľutoval ani vlastné peniaze. Okolo polnoci zo 16. na piatok 17. novembra 1944 Jána Nemca prepadla na fare osemčlenná ozbrojená skupina extrémistov - partizánov zo skupiny Čapajev. Mal vtedy 33 rokov a 11 rokov slúžil ako kňaz. Bol to jeho Veľký piatok, ktorý predvídal aj predpovedal. Pýtali od neho peniaze, no slovenský kňaz s menom Ján Nemec žiadne nemal a bol podozrivý.   Partizáni si posadali na voz a kňaza uviazali za koňom. Vliekli ho popri voze v blate a daždi po poľných cestách za krutého mučenia z Lieskovca cez Štefanovce do Žalobína. Tu vedúci eskorty prišiel na faru, kde bol ubytovaný partizán Anton Šmich z Čičavy a zahlásil mu: „Už sme priviedli toho Nemca.“ Potom ho odvliekli ku Girovciam. Zastali pri rozvodnenej rieke Oľke, a zmučený a vysilený Ján Nemec mal prejsť cez zrúbanú jelšu, ako lávku cez rozvodnený potok. Pretože od vysilenia už nevládal, rozsekali mu lebku a dvoma strelami do zátylku ho zavraždili a hodili ho do rozvodnenej Oľky. Po vojne bolo úradné vyšetrovanie jeho vraždy zastavené a svedecký materiál sa stratil.

V Liptovskom Sv. Jáne surovo umučili kňaza Rudolfa Schedu, v Liptovskom Sv. Michale kňaza Martina Martinku.

Obeťou vojny je aj Michal Bubnič (1877–1945), rodák z Borinky, diecézny biskup Rožňavskej diecézy. Biskupskú vysviacku prijal v Dóme sv. Martina v Bratislave z rúk banskobystrického biskupa Mariána Blahu. Zomrel 22. februára 1945 v rožňavskej nemocnici na následky mučenia počas prepadu biskupskej rezidencie partizánmi 9. januára 1945.