Po vojne, v ktorej si spojenci rozdelili politický vplyv v Európe, postihla Slovensko a najmä jeho inteligenciu nová vlna emigrácie. Konali sa retribučné súdy, popravili desiatky Slovákov. Aj Jozefa Tisa, aj keď ten ako prezident nepodpísal ani jeden rozsudok smrti.

Osoby, ktoré sa zapojili do budovania Slovenského štátu, sa dostali mimo zákona, mnohí emigrovali, iných súdili a väznili (okrem prezidenta Jozefa Tisa popravený bol aj predseda vlády Vojtech Tuka, vtedy už na invalidnom vozíčku). Trestal sa každý náznak slovenskosti.

Obetí ľudovodemokratického režimu a následne socializmu bolo veľa. Súdení a odsúdení boli starí i mladí. Najprv na doživotie a po odvolaní sa prokurátora Antona Rašlu odvisli v roku 1951 traja mladí Trenčania: Anton Tunega, Eduard Tesár a Albert Púčik. O rok na to Ján Rešetko, František Bodnár, Bohumil Gruber, Michal Mihók.

Boli prenasledovaní všetci, čo mali čokoľvek spoločné s budovaním vlastného štátu, okrem politikov aj spisovatelia, novinári, maliari, historici, matičiari. Českí nacionalisti, vzorne slúžiaci Stalinovi, ich jednoducho nazvali „rozbíjačmi republiky“ či „separatistami“ a vynášali drakonické rozsudky. Dlhoročné pobyty v neľudských podmienkach boľševických koncentrákov, vyháňanie z bytov, vyhadzovanie zo škôl, rušenie kláštorov, ničenie vzácnych knižníc. Aj esenbácke guľky do tyla, dobitie na smrť pri výsluchu a – popraviská.

V 50. rokoch 20. storočia boli útoky na katolícku cirkev oboch obradov veľmi rozsiahle, pričom Gréckokatolícka cirkev bola zakázaná. Akoby už sama existencia cirkví narúšala komunistický monopol na ideológiu a bola problémom pre režim až do jeho konca v roku 1989. V roku 1950 sa hlásilo 76,2 percenta Slovákov k rímskokatolíckej, 6,6 percenta ku gréckokatolíckej cirkvi, 12,9 percenta bolo evanjelikov augsburského vyznania a 3,3 percenta kalvínov.

Keď na Veľkú noc 1950 bezpečnosť a ľudové milície prepadli kláštory a odviezli do internačných táborov 728 rehoľníkov, o niekoľko týždňov ďalších 281 a v auguste podobne likvidovali aj ženské kláštory a bezpečnosť sústredila 1962 rehoľníčok, nijaký väčší odpor nevznikol.

Po prešovskom „sobore“ 28. apríla 1950, zorganizovanom najvyššími komunistickými orgánmi štátu a hierarchiou ruskej pravoslávnej cirkvi, úradne zlikvidovali Gréckokatolícku cirkev a veriacich násilne preregistrovali do Pravoslávnej cirkvi. Tá sa režimu videla menej nebezpečná (mala centrum v Moskve). Podľa výsledkov sčítania ľudu k prvému marcu 1950 bolo na Slovensku 225 495 gréckokatolíkov a takmer deväťtisíc pravoslávnych. Po sobore (úradne) boli všetci pravoslávneho vierovyznania. Časť veriacich odmietla prijať pravoslávnu vieru a keď kňazov, ktorí nesúhlasili so zrušením svojej cirkvi, najprv internovali a potom ich úrady presídlili do Čiech (išlo o stovku kňazov s rodinami), vo viacerých dedinách ich bránili. Pätnásteho  januára 1951 bol v Bratislave odsúdený prešovský gréckokatolícky biskup Pavol Gojdič na doživotie (zároveň s ním aj rímskokatolícki biskupi: Michal Buzalka a Ján Vojtaššák na dvadsaťštyri rokov) a biskup Vasiľ Hopko v októbri 1951 na pätnásť rokov. Činnosť gréckokatolíckej cirkvi nanovo povolila vláda trinásteho júna 1968 dekrétom, ktorý podpísal vtedajší jej podpredseda Gustáv Husák.

Traja z jej predstaviteľov boli pápežom Jánom Pavlom II. vyhlásení za blahoslavených: biskupi Pavol Peter Gojdič, Vasiľ Hopko a mních Dominik Metod Trčka. Z rímskokatolíkov sa stala blahoslavenou sestra Zdenka Schilingová, don Titus Zeman a Anna Kolesárová. Na blahoslavenie čakajú biskupi Ján Vojtašák a Michal Buzalka a ďalší mučeníci za vieru.